Avogadro

AVOGADRO

Hi guys, buat kalian yang sedang mencari applikasi tentang kimia, ada nih software yang namanya Avogadro. Apa sih avogadro itu? Buat kalian yang penasaran, Let’s check it out

Avogadro merupakan  salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan  canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasi ini digunakan dalam  kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

 

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein datab ank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

 

Bagaimana cara menggunakan aplikasi Avogadro?

Berikut ini adalah cara menggunakan aplikasi Avogadro
1. Langkah pertama adalah membuka aplikasi Avogadro, lalu akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

1

 

  1. Langkah kedua untuk memulai membuat bentuk molekul adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

2

3. Langkah selanjutnya adalah pilih ball dan stick pada display types.

3

Lalu tentukan molekul apa yang akan Anda gambar. Misalnya saya pada tutorial ini, ingin mencoba menggambar C3H8. Pada draw settings, saya memilih atom pusat C kemudian bond order adalah single, lalu check pada adjust Hydrogens. Maka akan muncul tampilan gambar molekul seperti dibawah ini.

4

5

  1. Selanjutnya, sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat. Untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings”.

6

Kemudian klik Start, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

7

  1. Untuk memodifikasi gambar yang sudah kita buat, digunakan menu tools settings. Misalnya untuk mengubah tampilan pada “Van der Waals Spheres”, maka akan muncul tampilan gambar seperti dibawah ini.

 8

berikut video tutorial menjalankan applikasi avogadro

klik disini

semoga bermanfaat 🙂